Choć księgowość internetowa wydaje się naprawdę korzystnym i niepospolicie taniutkim wyjściem dla przedsiębiorcy to  wielu właścicieli firm cały czas waha się nad przejściem na taką formę prowadzenia swojej ewidencji, z powodu obawy o bezpieczeństwo i chronienie firmowych dokumentów. Jakby bowiem nie było, wszystkie informacje, pliki oraz papiery przechowywane są na internetowych serwerach, do których dostęp może zyskać jednostka niepożądana, czy też, z których zdołają one zniknąć w wypadku awarii.

Obawy są tutaj jednak totalnie niepotrzebne, ponieważ księgowość internetowa to rękojmia kompletnego bezpieczeństwa, użycia najlepszych zabezpieczeń, kompleksowych narzędzi szyfrowania plików oraz niepospolicie często oraz regularnie przeprowadzana kopii całego systemu, dzięki temu Twoja ewidencja z pewnością nie przepadnie. Co więcej, każdy użytkownik ma możliwość przegrania pojedynczych i wybranych przez siebie danych na swoim własnym nośniku, jeśli tylko będzie tego potrzebował. Można nawet pokusić się o stwierdzenie, że dokumentacja w takowej formie, jest o wiele bardziej trwała, aniżeli w formie papierowej.